最近の日本での使用に際しては、環境に配慮して最新技術による対策が施されている。
カロリーが低い
比較的良質な豪州一般炭でも、重量1kgあたりの発熱量が6700kcalで、重油の半分である。これは蒸気ボイラーで同じ出力を得ようとした場合、石油燃料を使用する場合よりも大きなボイラーが必要であることを意味する。
固体のため、採掘・運搬・貯蔵に際して石油よりもコストがかかる
液体はポンプと配管で輸送できるが、石炭の輸送にはパワーショベルまたは人手による投炭、ホッパー、ベルトコンベアなどが必要である。
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天然ガスより熱効率を上げにくい
石炭も微粉炭にして酸素吹き込みで燃やせば高温の一酸化炭素・二酸化炭素が発生するので、ガスタービンを回したあとの数100℃の熱排気でボイラーを熱して蒸気タービンを回すコンバインドサイクルは可能で研究も進んではいる。ただし石炭に含まれる灰分が溶けてタービン翼に障害を与えるのを「低コストで」処理するのが難しい。そのためカロリーあたりでは石炭のほうが安くても、天然ガスコンバインドサイクル発電所のほうが石炭火力発電より燃料消費が少ないので、ドイツのような隣国からパイプラインで購入している国の場合は天然ガス発電所が増えている。日本やイタリアのように液化天然ガスで輸入している国は天然ガスを-160℃で液化するコストが掛かっているので、どちらが有利か試算者によって結論が異なる。
後処理装置がないと大気汚染の原因になる
特に硫黄は原油同様0.4?5%含まれているが、これは燃やすと酸性雨の主要因となる硫黄酸化物になる。窒素成分も他のエネルギー源より多く、やはり酸性雨の原因となる。これらの環境汚染物質については（日本では）国や地方自治体で排出基準が定められている。環境対策として 硫黄酸化物については湿式石灰石-石膏法による脱硫装置、窒素酸化物については燃焼方法の改善や排煙脱硝装置の稼動により排出基準を遵守している。